淝水战后，形势出现了重大变化。其时士族势力已经大不如昔，东晋政权也成为枯木朽株。孝武帝所作重振皇权的努力，功效甚微而触发的矛盾却很复杂。门阀政治的格局，以太原王氏两支各自凭借后党妃党的地位，交斗于主相之间而呈崩坏之势。孝武帝死后，破坏门阀政治的代表人物，是执政的皇室人物司马道子、司马元显父子；而门阀士族的代表人物，则是原为孝武帝亲信而居徐州京口之任的太原王氏王恭，以及上游的殷仲堪与桓玄。
王恭起兵败死后，桓玄并吞殷仲堪等上游兵力，进驻建康，消灭了司马道子父子的势力。如果桓玄处置适宜的话，这本来是重振门阀政治的一个时机。都下重要的门阀士族人物，几乎都支持桓玄，接受了桓玄的官职。《通鉴》元兴元年(402年)谓"玄初至，黜奸佞，擢俊贤，京师欣然，冀得少安。"《世说新语·文学》还说其时泰山羊孚从京口诣玄，致笺赞颂曰："明公启晨光于积晦，澄百流以一源"，桓玄即用为记室参军[2]。但是桓玄走得太远，不旋踵而代晋立楚，破坏共天下的局面。对此，门阀士族自有其不安之处，但亦未见有多表现，我们只知羊孚曾坚持异议。《世说新语·伤逝》："桓玄当篡位，语卞鞠(卞范之)云'昔羊子道(羊孚)恒禁吾此意(案此时羊孚新丧)'"，云云。羊孚禁桓玄篡晋，可能反映了怯懦的门阀士族的共同心愿，但并无实际作用。真正有力量反对桓玄此举的，是北府将孑余的刘裕。《宋书》卷一《武帝纪》刘裕语何无忌曰："桓玄必能守节北面，我当与卿事之；不然，与卿图之。"
看来，都下的门阀世族对桓玄的态度，颇似昔日他们之对待王敦。迎桓玄入都并与之合作，意在去司马道子父子的专擅而长门阀士族的威风；阻桓玄称帝立楚，意在维持门阀士族与司马氏共治而防桓玄独吞江左。江左之初，诸门户与王敦关系，正是如此。这是门阀政治在权力分配上所必需的。君以此始，亦必以终。不同的是，王敦一叛再叛，门阀士族不但直接表示了意见，而且也采取了有力的行动，即赞同其清君侧之举而用兵力阻止其篡晋之谋，态度明朗，反映门阀士族力量强大，足以有所作为；桓玄兴师入都及后来废晋立楚，门阀士族赞同其消灭司马道子父子势力而未敢公然阻止其篡晋，态度暖昧，反映门阀士族的虚弱，丧失了举足轻重的力量。
刘裕驱逐了桓玄，使桓玄的起落成为东晋门阀政治的一次回光反照。昔日决断机枢的门阀士族，一般都无所作为，从王谧奉玺册于桓玄开始以至南朝之末，在改朝换代之际总是随例变迁，无复秦楚。与之相应，东晋统纪由次等士族刘裕恢复以后，重建士族与司马氏共治的门阀政治局面是再也不可能了。不过次等士族收拾残局，代晋建宋，格于各种原因，也并非可以一蹴而就，还需要相当准备，还得有一个过程。东晋义熙政局就是这样一个过程，其历史内容，无非是为门阀政治回归皇权政治准备必要的条件。
[1] 见《秦汉魏晋史探微》，中华书局一九九三年。
[2] 关于门阀士族支持桓玄，参看祝总斌《试论东晋后期高级士族之没落及桓玄代晋之性质》一文(载《北京大学学报》社会科学版，一九八五年第三期)。
