反目成仇
然而黄宗羲突然决定当一个遗民，却引起了很多人的不理解。当时有不少人是因为受到黄宗羲的影响，才参加抗清，不料黄宗羲自己却率先放弃抗清。由此也造成了兄弟、朋友之间的反目成仇。
黄宗羲的两个亲生弟弟黄宗炎、黄宗会，抗清多年，与兄长一起出生入死。然而，现在黄宗羲不但整日埋头著书，还同清廷官员姜希彻等人在浙江创办书院。黄宗羲认为武力推翻清政府已经不可能，那么，只能在文化上对它进行改造，要培训出一批学生，通过科举考试进入统治机构发挥作用。这种想法，却没有得到弟弟们的理解。自从黄宗羲办书院后，他们就很少出现在黄宗羲身边了。
好友吕留良也与黄宗羲绝交了。吕留良曾是一位很有前途的年轻人，因为受到黄宗羲的影响而放弃了清廷的科举。正当吕留良想在反清事业中大展拳脚的时候，黄宗羲却开始教育子弟参加科举。他因此大骂黄宗羲，两人最终分道扬镳。
在黄宗羲与吕留良产生矛盾的过程中，黄宗炎大肆推崇吕留良的气节，表达对哥哥的不满。这些事情，无疑让黄宗羲非常痛苦。自己的思想和行为不但得不到朋友的理解，甚至连手足兄弟也站在了自己的对立面。然而，这是一条自己选择的道路，尽管这是艰难的选择，也得继续走下去。
丧事奇特
黄宗羲死于1695年，但早在1687年，他就开始安排自己的后事。他对后事的安排还引来了一场轩然大波。
黄宗羲一生抗清，晚年从事学术文化活动，不被人理解，所以内心十分痛苦。这种痛苦反复折磨着他，使得他对自己的葬礼产生了一种新的想法。
人去世之后，一般都会穿上寿衣，放到木制棺材里下葬。黄宗羲却希望自己死后将头发散开，盖上一条单被，放在一个石头棺材里裸葬。清朝入关后，老百姓都要扎辫子。散发表示不愿意再扎辫子，不再当清朝的老百姓。这是当时很多遗民的做法，倒也不稀奇。但尸体不穿寿衣，放在石棺里很容易因虫蚁啃噬而迅速腐烂，这种下葬的方法就大大违背了当时的风俗。黄宗羲的儿子黄百家非常为难，于是就请自己的族叔前去和黄宗羲商量，看能不能让他改变主意。结果黄宗羲非常不高兴，特意写了一篇名为《葬制或问》的文章批评儿子，说对于父亲的遗嘱，儿子都要遵守，否则，"则平日之为逆子无疑矣"。而且，作为儿子，不能阳奉阴违，一边答应父亲，另一边却希望父亲去世后仍按照普通的葬法来安葬。这让黄百家感到非常委屈。
那么，黄宗羲为什么如此激烈地坚持自己的想法呢？当时就有很多人猜想，说黄宗羲一定有"心事"，也有人说这是黄宗羲"洒然超俗"的表现。
雍正时期，有个人写了一篇《黄梨洲先生裸葬说》的文章，说黄宗羲之所以裸葬，是因为他的父亲黄尊素被害后全身腐烂，黄宗羲对此耿耿于怀，所以希望自己死后也烂掉，才敢去九泉之下见父亲。这当然是胡说八道。
其实，黄宗羲之所以如此，是为了求得死后尸骨速朽。在黄宗羲心中，他的一生是失败的：在父亲被杀害的时候，他没能陪伴父亲一起对抗；在老师刘宗周绝食身亡的时候，他为了抗清匆匆离去；当朋友们在抗清的战役中殉国时，他依然苟活了下来。他虽然战斗过、抗争过，却没有死在沙场，而是活到80多岁的高龄。他晚年的事业也不为世人理解，有何面目到地底下去见父亲、老师和朋友？亡国之恨，一直缠绕在他的心头，所以他要散发，不再绑辫子；所以他要裸葬，而不穿满族的异族寿衣；所以他要躺在石棺里，期待迅速腐烂。
在性格上，黄宗羲是一个比较激烈的人。他做事情往往急躁、爱较真儿。他之所以不被好友、亲人理解，很多事情不能处理得圆满，都和他的性格有关。
黄宗羲更是一个立身严谨的人，他不像其他的文人学者，有很多风流韵事让别人评说。他的一生，忙忙碌碌，似乎永远在和黑暗的现实做不屈不挠的斗争。几百年后的今天，当我们仔细品味黄宗羲的一生时，我们必须要承认，他的思想、情感与痛苦，永远是我们的文化财富。
