"雄风"3在"超音速突防"的背后，是突防飞行高度较大以及过高的速度造成弹体的气动热与弹尾部的喷管红外信号特征明显的问题。在光电红外警戒和搜索设备面前，可被较早地发现跟踪。这使"雄风"3更易被航母编队外围的前哨警戒舰艇所发现和拦截。
在突破编队的纵深立体防御拦截时，反舰导弹必须要采用末段机动规避的手段，像"日炙"导弹就具有着末段高速S形规避、贴近海面飞行攻击的末段机动规避能力，而"雄风"3迄今公开的机动方式是在20-200米之间预定折点飞行，在末段可能会采取与早期"鱼叉"类似的拉高俯冲攻击。
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而这不但增大了被密集的航母近防武器拦截的可能性，而且较低的飞行高度也使其视界变小，在识别航母及编队舰上反应时间变短，加之高速带来的机动性降低，使其对多舰艇编队中航母的打击失误增大，甚至很容易错过打击目标。例如，台军在2011年6月的打靶测试中，就发生了导弹脱靶的情况。
超音速导弹的制导系统要在大过载突防过程中，还能保证命中精度和兼顾抗干扰能力，因此超音速反舰导弹的制导技术在世界范围内都是难题。"雄风"3在电子技术上与前两型雄风1、2相比，并无质的提升，因此"雄风"3目标识别和处理的能力的降低是必然的，导引头末段跟踪目标和采取抗干扰措施的时间都比较紧张，在编队的中近程强大的电子干扰和诱饵欺骗下，很可能就会"找不到北"。
