而最新型的轰-6K轰炸机作为中国空军巡航导弹轰炸机，承担着中国空军远程战略/战术打击任务，所以对于导航系统提出了更高的要求，因此轰-6K也配备了更加先进的综合导航系统，具备多种导航手段，互相配合，以提高飞机的导航精度，惯导系统升级为激光惯导系统，精度更高，启动速度也更快，卫星导航接收机采用了国产北斗卫星导航系统接收机，以便进一步提高飞机的导航能力和精度，轰-6K其他导航手段还包括无线电导航、多普勒雷达，以及轰炸雷达信标模式等手段，还可以使用机载光电吊舱探测地标来进行辅助导航，它配备的全军综合数据链相当于美国的LINK-16，传递的经度、纬度和高度组成的绝对坐标，因此也可以用来进行导航，通过上述手段的运用，可以让轰-6K在进行长途奔袭之后，仍旧可以对目标进行精确打击。
轰-6K的光电吊舱也可以用于辅助导航
根据海外的资料，空军和海航也准备利用轰-6K的技术成果，对现有的轰-6进行升级，以便提高现役轰炸机远程打击和投放精确制导武器的能力。
