根据相关资料，轰-6D的导航系统除了无线电导航、多普勒雷达之外，还增加了惯导系统，惯导系统与多普勒导航系统相比，它不需要发射电磁波，因此抗干扰勇力强、隐蔽性能更好，精度也更高，从而满足机载火控雷达发射YJ-6反导弹的要求，通过轰-6D飞机的研制，为惯导系统和机载精确制导在国产作战飞机上面的运用打下了基础，积累了经验。
YJ-63需要机载惯导系统提供初始对准
惯导系统也不是没有缺点，惯导有固定的漂移率，这样会造成物体运动的误差，随着时间的推移，这个误差会增加，这样就需要外部手段进行纠偏，现在大多采用卫星导航接收机对其进行纠偏，卫星导航接收机的优点就是导航精度不会随着时间和距离的增加而下降，90年代空军利用轰-6D的设备发展了轰-6E飞机，并且为其增加了一个TANS-2卫星导航接收机以提高飞机的导航精度，首架飞机于1994年交付部队，与此同时，利用轰-6E上面的设备对现役的轰-6C进行了同样的改进，编号为轰-6F。
