不过，市场化配置也有着一定的风险性。在追逐商业利益的情况下，如果背后的行政配置没有完全"放手"，而又通过了市场化的调节手段，那么可能会形成负担的转嫁。如果通过拍卖而获得优质的航班时刻资源，航企肯定会为获得这份资源而不遗余力，如果按照价高者具有优先权的原则，那么航班时刻表应可能会带来大量的成本增长，进而带来的则必然是票价的大幅上涨；相反，如果采取的是类似药品招投标过程中的"价低者优先"原则，那么航班时刻拍卖才不会成为涨价的"推手"。
一直以来，民航企业的运营和民航行政管理对于公众来说属于相对封闭的领域，因此大部分公众甚至想不到航班时刻分配当中还有这么大的"学问"，也正是因为民航系统的封闭性和专业性，才让背后所暗藏的寻租现象十分隐蔽，难以察觉。
如今，搭乘飞机出行已经逐渐成为人们普遍的交通出行方式，这就让民航系统的廉洁高效具有了更广泛的影响力。对于普通乘客来说，对民航系统的运行及其任何改革举措的期待就是"价格更低、服务更优"，而这也应该成为航班时刻资源市场化改革的最终目的。
