歼-16同时全面升级了机上的电子设备。据信该机装备了国产的有源相控阵雷达和新一代前红外观瞄系统，在航电水平上甚至优于俄罗斯最新的苏-35M战斗机。
由于使用了本国电子设备，歼-16可以使用各种国产空射武器，从而极大扩展了该机的使用范围和发展潜力。
与侧重于空优的歼-11B/D相比，歼-16可以携带更多的重型空地武器，对地对海攻击因此也是歼-16的作战侧重点，这与苏-30MKK/MKK2在我军的作用较为类似。
