为保证改革计划的落实，普京总统还借助政府和社会力量推进军队改革，为军队注入了新思想、新理念、新活力。比如通过引入现代管理理念，提高了军费使用效率。通过推动武器装备采购和军队后勤走社会化和商业化的道路，走出了一条具有自身特色的"军民融合"道路。
俄军改革的真正突破是从国防体制和作战指挥体制开始的，经过多年艰难的探索，最终建立起不同于美军和其他西方国家的国防领导与指挥体制。这一体制既反映了俄罗斯国防安全的现实需求，也体现了俄罗斯的军事传统。在战略管理层面，俄罗斯实现了军政与军令剥离，国防部职能得到了加强。在作战指挥体制上，实现了总参谋部职能的专一化，在原有军区指挥机构的基础上，建立了东、西、南和中央4个联合司令部。
战略火箭兵、空天防御兵和空降兵三个兵种的作战指挥权仍归属总参谋部和各兵种司令部，陆海空军的作战指挥权被剥离，转让到总参谋部和联合司令部。从改革的效果来看，俄军当初采取的这些措施不仅大方向正确，最终的实践效果也是好的。
