在苏联解体后，俄罗斯实力疲软以及该国从土耳其边界撤军(得益于高加索南部地区出现缓冲国)使军事威胁不复存在，也让两国把精力集中于经济合作。
然而，安卡拉和莫斯科继续争斗不休，大多围绕的是其共同接壤的邻国。上世纪90年代初，土耳其曾试图利用其历史和文化联系取代俄罗斯成为大多为穆斯林、属于突厥语系的中亚共和国的庇护国。安卡拉和莫斯科还分别支持因争夺纳戈尔诺－卡拉巴赫地区而成为敌对双方的阿塞拜疆和亚美尼亚。这两国冲突曾由1994年的停火协议冻结。更大的挑战是车臣，俄罗斯指责土耳其支持该地区分裂叛乱分子。
安卡拉和莫斯科的经济在本世纪初均蹒跚前行，因而双方一致同意解决其地缘政治关切，把精力集中在深化经济合作上。莫斯科拒绝了库尔德工人党领导人阿卜杜拉的避难请求，并取消向希腊塞浦路斯出售S-300防空系统。2001年达成的一份协议缓解了两国就高加索和中亚产生的紧张关系。
