但包括主要在野党人士在内的很多韩国人对部署萨德系统持保留意见，他们担心部署该系统可能造成的外交和经济代价、以及该系统保护国家抵御来自朝鲜的数百枚短程导弹袭击的有效性。
位于首尔的研究机构和平基金会(Peace Foundation)称，部署萨德的主要目的将是，假如平壤成功研发出洲际弹道导弹，保护美国免受来自朝鲜的这类导弹的袭击。"对我们来说"，这样的导弹"不是一个直接的威胁，"该机构表示。它还表示，"如果在这里部署萨德，韩中关系变冷是不可避免的。"
首尔世宗研究院(Sejong Institute in Seoul)高级分析师郑相昌(Cheong Seong-chang)认为，部署萨德系统很可能会损害韩国的战略利益，因为会将中国推向朝鲜。他说，考虑到韩中贸易占据韩国对外贸易额的四分之一，中国也许会展开报复，对韩国的关键出口领域进行打击。"中国可能会爆发一种反韩情绪，而这可能会导致来韩国旅游的中国游客人数剧减，引发中国人抵制韩国商品，"郑相昌说。
