就在欧盟为难民危机寻找出路的同时，另外一场危机的阴云也聚集在欧盟上空--英国可能"脱欧"。分析认为，这两场危机是相互关联和影响的。欧盟如果不能尽快解决难民危机，英国民众就难免质疑欧盟的可信度。他们不愿看到自己的国家像德国那样受到难民潮的冲击，很可能会选择脱离欧盟。
由于对欧盟各国"难民面前各自飞"深感恼怒，一名欧盟高级外交官近日在接受《费加罗报》采访时质问道："我们还同意当初一致达成的原则吗？我们还尊重原先的承诺吗？交流的美德和开放的原则到哪里去了？"英法德三个欧盟大国的很多外交官也担心，一个"差异欧洲"正在形成。例如，已经有人提出建立一个只包括少数欧盟国家在内的"迷你申根"。
《费加罗报》评论说，难民危机让欧盟各国纷纷设立边境障碍并寻求自保，"'申根'的解体被提前了"。欧盟委员会也警告说，"这将是欧盟结束的开始"。确实，欧盟如果不能携起手来应对自二战以来最严重的难民危机，《申根协定》可能会寿终正寝，欧盟作为一项"人类创举性的政治方案"也将面临失败的风险。
