印尼总统佐科·维多多不可能希望看到印尼在捕鱼权问题上卷入与中国的对抗。佐科2014年竞选总统时承诺，要打击腐败并确保经济增长。
另据美国双月刊网站3月30日报道称，印尼总统佐科·维多多加强国家主权和海上领土完整的战略正在经受最近中国渔船驶入纳土纳群岛印尼海域事件的考验。佐科政府可能会进行一系列不情愿但必须采取的回应，印尼海洋渔业部长苏西·普吉亚斯图蒂公开批评中国的行为只是第一步--与以往不同，印尼承受不起采取其他的办法。
报道称，这并非印尼首次被迫在南中国海严词批评中国。过去四年，印尼政府逮捕在印尼专属经济区非法捕鱼的中国渔民来执行其渔业法的尝试导致了一系列中国和印尼执法船只之间的冲突。不过，传统上，印尼外交部会尽量将这种冲突淡化，以维持与中国的关系。
尽管此类事件与纳土纳群岛(中国声明不拥有其主权)的主权争端无关，但这些岛屿构成的专属经济区与中国的"九段线"重叠。印尼外交部曾要求中国澄清"九段线"的合法性，却没有得到答复。
报道称，迄今为止，佐科政府一直对中国保持谨慎态度。作为针对非法捕鱼行动的"沉船"政策的一部分，印尼对于击沉中国船只迟疑不决显然就体现了这种谨慎态度。
