美日、中国之间因为台湾问题的遏制层次，到了这一步，势必招致美国多个航母战斗群的干预。到了这一层次，中美直接较量将难以避免，因此，中国对美第三层次的遏制，是使用新型的东风-21D打击航母舰队。这一层次，包括2种打击方式，第一种是打击港湾内的航母，主要针对日本横须贺基地的美军"里根"号核动力航母，依照目前二炮弹道导弹的打击精度，采用中段"北斗"、末段雷达成像技术制导，直接命中港湾静止状态的航母是可行的。
第二种打击方式是相当困难的技术，即打击航行中的航母，首先采用海洋卫星、岸基天波雷达、远程警戒雷达实施初测，海军、空军必须与二炮实施一体化作战，尤其是探测、指挥系统。其次采用核潜艇、无人机、岸基侦察机、预警机对航行中的美航母舰队实施精确定位、跟踪，不断传回数据，东风-21D根据这些坐标，实施打击。这需要中国的各种探测平台前出到接近第一岛链的海空领域。
弹道导弹的最大有利之处就是末段高速飞行，难以拦截。
一旦发展到这一对抗阶段，美军极有可能对中国本土实施常规导弹、巡航导弹攻击，包括对岸基雷达、潜艇、侦察机实施打击，此外有可能率先启动太空战争，打击中国的海洋卫星，这样东风-21D会变成瞎子。
