第二种打击方式是相当困难的技术，即打击航行中的航母，首先采用海洋卫星、岸基天波雷达、远程警戒雷达实施初测，海军、空军必须与二炮实施一体化作战，尤其是探测、指挥系统。其次采用核潜艇、无人机、岸基侦察机、预警机对航行中的美航母舰队实施精确定位、跟踪，不断传回数据，东风-21D根据这些坐标，实施打击。这需要中国的各种探测平台前出到接近第一岛链的海空领域。
弹道导弹的最大有利之处就是末段高速飞行，难以拦截。
一旦发展到这一对抗阶段，美军极有可能对中国本土实施常规导弹、巡航导弹攻击，包括对岸基雷达、潜艇、侦察机实施打击，此外有可能率先启动太空战争，打击中国的海洋卫星，这样东风-21D会变成瞎子。
