除了陆基和空基手段外，海基反导也不可忽视。海军先进导弹驱逐舰平台和它安装的大型有 源相控阵雷达，为升级反导能力提供了扎实的基础。我国目前驱护舰上装备了"海红旗"9和"海红旗"16导弹，它们都存在体积重量偏大的问题，不过"海红旗"9可以改进用于末段低层防御，而"海红旗"16后续改进型可以百尺竿头更进一步，进行类似"标准"2 Block IV的改进，增加一段直径更大的助推器，增强导弹动力性能，同样用于末段低层防御。末段低层拦截防御区域虽然有限，但海军战舰具备高机动能力，而且可以随时投入作战，要比陆基部署的末段低层反导系统效率高得多。
我海军还可以在"海红旗"16的基础上增加第三级发动机和小型动能弹头，进一步发展出中国的"标准"3导弹，用于拦截射程3500公里以内的中程弹道导弹，满足对抗"潘兴"II及其改进型号的任务。美军如果在日、韩、菲一线部署"潘兴"导弹，我驱逐舰可以进行上升 段和下降段拦截。如果能在战舰上部署髙加速的"海红旗"19导弹，还可以把战舰部署到第一岛链附近进行助推段拦截。即使美军只在关 岛部署增程的"潘兴"导弹，海基中段防御系统仍然可以在中段多进行一次拦截。总而言之，海基反导可以借鉴"宙斯盾"反导系统的发 展思路，通过渐进改进"红旗"16，实现有效的中段和末段反导。
无论是"红旗"9的改进型，还是从"红旗" 16基础上改进出来的类似美国"标准"3的导弹，同样会存在价格过高的问题，NCADE的设计思路同样可以用到海基反导上来。如果研制出类似NCADE的廉价版空射反导导弹的话，我们可以为其更换或增加一个性能更强的发动机，这样即使用海军战舰的垂直发射系统发射，也可以做到类似或超越空射版本的性能，同时保持廉价的特色。海军版廉价髙空反导导弹，还可以增加一个反导层次，进一步增强多层拦截杀伤的概率。
