访印之后，卡特将奔向菲律宾。在菲律宾，卡特将会晤菲总统阿基诺三世、防长加斯明，他将访问菲律宾陆军主要训练基地马格赛赛堡和安东尼奥·包蒂斯塔空军基地。美国有线电视新闻网9日报道称，卡特将视察的基地之一距离中国声索主权的南沙群岛160公里。
卡特访菲期间，名为"肩并肩"的美菲联合军演正在南海进行，卡特将观摩演习，这将是美国防长第一次观摩该演习。日本《朝日新闻》报道说，菲律宾驻美大使何塞称，菲律宾今年获得美国7500万美元军事援助，而去年为5000万美元。
菲律宾《太阳星报》9日援引卡特的话称，美国将给予菲律宾4000万美元军事援助，强化情报共享、监视与海上巡逻，这一援助将使美菲联盟升至"一个新的水平"。报道强调，此次援助正值菲律宾与中国因南海岛礁紧张加剧之际。《朝日新闻》称，2016年将是2000年美军重返菲律宾之后马尼拉获得美国军援最多的一年。
