萨德会引起电磁波污染问题，是韩国国内反对部署萨德的又一个原因。根据反对者的主张，2012年4月16日美陆军起草的一份报告包含着AN-TPY2（萨德雷达）相关的详细内容。根据报告，雷达地区前方130度5500米地区被指定为"禁止出入区域"，并称"作战中无线频率功率在天线上和附近会达到威胁水平"，"无线频率电磁波会引起严重烧伤和内伤"。鉴于AN-TPY2雷达发出的电磁波会威胁环境安全，而且在韩国领土内实际上不存在此装备可部署的地区，因此一些韩国人，尤其是环保人士对萨德表示强烈反对。
最后，萨德对中韩关系会造成负面影响，也是反对声音的一个重要原因。众所周知，萨德的运用范围会覆盖一部分中国领土，中方已经对此明确表示了坚决反对的立场。因此，萨德的反对者主张，中国是韩国最重要的战略伙伴国家，给这样有着密切关系的国家造成巨大威胁，部署性能不明的萨德是得不偿失的。而且，中国是可以在将来对朝鲜半岛统一发挥巨大影响力的国家，若在"保持友好的中韩关系"和"萨德可能带来的对朝防御力"二者之间选择的话，韩方更值得舍后者而取前者。
萨德部署与否，朴槿惠个人判断很重要
那么，反对声音能否影响韩国是否部署萨德的决策过程呢？
4月13日，韩国将举行国会议员选举。选举之前，任何国会议员候选人都不愿意提及如萨德等的敏感问题。但若选举结果中，支持部署萨德的韩国新国家党占过半以上议席的话，上述的反对声音将难以影响韩国对萨德部署的决策。相反，由于韩国的三大在野党，即共同民主党、国民之党和正义党均反对部署萨德，因此在它们占过半议席以上时，反对声音影响韩国决策的可能性会提高。
