BMD系统为"螺旋开发"模式，因为采用了旨在不断提高系统整体能力的开发方法，就算不增加导弹数量费用也会不断上升。事实上，包括高性能雷达等的相关装备费以及美日共同的开发费在内，每年的预算都将达到数百亿至一千亿日元。特别是安倍政权打出了强化BMD系统的口号，并决定增加8艘搭载SM3导弹的宇斯盾护卫舰。2015年和2016年每年的BMD 相关费用都超过了2千亿日元。
据悉，自朝鲜事实上发射了"导弹"之后，日本政府又在讨论配置美军的地上迎击系统THAAD(末段高空区域防御系统)。该系统迎击高度介于SM3导弹和PAC3导弹之间，如果日本引进的话将实现三层防御体制。虽然配置费用还有待与美国政府进行协议，但有分析指出至少要花费上千亿日元。
日本官房长官菅义伟表示，日本政府虽然在朝鲜发射"弹道导弹"之前还强调"要切实准备利于国民安心和安全的应对措施"，但在朝鲜发射"导弹"之后，政府便表示"要加速保护国民的相关讨论"，并表示出导入新系统的意向。
