正是因为这种高度敏感性，韩国国内也有不少反对部署"萨德"的声音。韩国YTN电视台1月31日称，有分析认为，韩国政府之所以在"萨德"问题上转向，实际上是希望借此向中国施压，希望中国在核问题上积极对朝制裁，但问题是中国对此非常反感。有忧虑的声音认为，如果韩国允许"萨德"部署，实际上韩国就成了美国牵制中国的一环，这必将会恶化中韩关系，对国际社会对朝制裁将产生负面影响。
《韩国日报》1月31日发表社论称，部署"萨德"是重大而敏感的问题，该系统是否针对朝鲜和是否有效依旧存在争议，朝鲜如果使用导弹袭击韩国，只要使用中短程导弹即可，根本无需中高空导弹防御系统。不可否认，韩国一旦部署"萨德"相当于加入美国主导的反导系统，可能让东北亚重回冷战时代，这也是中国对此高度关切的原因。
韩国政界也有人发出警告。据韩国KBS电视台1月30日报道，韩国最大在野党共同民主党通过发言人发表书面评论，对"萨德"部署问题表示强烈忧虑。评论说，"萨德"在韩部署有可能引发东北亚局势新的紧张，特别是有可能引发韩国对华外交产生"深刻裂缝"。在"萨德"实效性还未得到全面验证的情况下，韩国部署该系统只会浪费巨额军费。
