其次是有计划调整各军种编制结构。空军从2004年起，削减20%，裁撤了至少5个作战中队。同时，积极发展以军用卫星为重点的航天计划与弹道导弹防御系统，将其纳入空军体制编制之内，使空军司令部成为真正意义的空天司令部。
然后是调整地区司令部职能。目前，以军地面部队划分为北方、中央、南方3个地区司令部，主要任务是防范本区域内邻国传统的进攻。近年来，由于传统安全威胁逐渐消退，而恐怖主义、突发事件以及小规模冲突等非传统安全威胁不断上升，各战区司令部职能同时进行相应调整。
最近几年，根据形势任务变化，以色列开始推进论证新的改革方案：东线威胁消除，拟将西岸和加沙地区统一由一个地区司令部负责；裁撤南方司令部，由陆军司令部负责本地区防务；成立战略司令部，强化陆海空天联合作战能力。
