有效载荷也是一项挑战。SR-72的具体任务载荷仍处于保密状态，很可能相关载荷尚未完成研制。在马赫数6的飞行条件下进行图像情报侦察或完成投弹需要高超的工程技术。飞机完成转弯需要数百英里，需要强大的制导计算机建立从所在飞行高度到目标的瞄准线，在马赫数6的情况下打开武器舱也是严峻的技术挑战。因此，SR-72将需要能够在此高速下工作的新型传感器和武器。
